בעיר פתח־תקוה פועלים מספר בתי חולים המשרתים את תושבי פתח־תקווה והאזור כולו:
• שני בתי חולים המהווים יחדיו את "המרכז הרפואי רבין", שהוא המרכז הרפואי השני בגודלו בישראל, אחרי בית חולים שיבא:
• קמפוס בית חולים בילינסון – נוסד ב 1936 וממוקם במערב העיר, על צומת הרחובותז'בוטינסקי וקפלן. במסגרת בית החולים פועל מרכז דוידוף, מרכז ייעודי, הראשון מסוגו בישראל למניעה, לטיפול ולמחקר מחלות הסרטן ומכון רפאל רקנאטי לגנטיקה, שהוא מכון הגנטיקה הגדול בארץ.
• בית חולים גולדה השרון – נוסד ב־1942 וממוקם בשכונת כפר גנים בעיר.
• בית חולים שניידר לרפואת ילדים – בית החולים הגדול בישראל לרפואת ילדים. בית החולים ממוקם בסמוך לבית החולים בילינסון. את בית החולים הקים בשנת 1991 פרופסור יהודה דנון אשר ניהל אותו עד לשנת 1997. בית החולים קרוי על שם משפחת שניידר שתרמה את מרבית הכספים להקמתו.
• בית החולים גהה – בית חולים הפסיכיאטרי הגדול בישראל, שנמצא בסמוך לבילינסון ולשניידר.
• בית רבקה – בית חולים גריאטרי הנמצא במזרח העיר.
• המרכז הרפואי רמת מרפא – בית חולים פרטי השייך לרשת בתי החולים אסותא, ומתפרש על פני 4 קומות במבנה של קניון לב העיר לשעבר, בסמוך לעיריית פתח־תקווה. רמת מרפא, יחד עם אסותא תל אביב, מהווים את 2 בתי החולים הגדולים ביותר ברשת.
• בית חולים נווה רעיה – בית חולים סיעודי גריאטרי, לבית החולים מתקבלים חולים על בסיס פרטי או בקוד משרד הבריאות.
